Hola Samuel.
El tema dels applets de JAVA és molest.
Sembla que a les últimes versions de JAVA[1] s'ha pres la decisió de fer conscient a l'usuari de que es pot executar programari a la màquina client potencialment perillós en cas de que no siga la font fiable.
Desconec si es pot automatitzar, però sembla que era un colador de vulnerabilitats i han pres aquesta decisió. La decisió ve d'Oracle, propietari de JAVA.
Crec que per tal que no eixira aquest missatge JClic hauria de signar l'applet. Aquesta signatura o llicència està al voltant de 250 - 300 $ a l'any.
No sé quina solució pot haver.
Salut
-----------------
[1] http://www.javahispano.org/portada/2013/4/10/tienes-una-applet-firmalo-pronto.html