Moodle ens proporciona eines (o més exactament, mòduls) per replicar moltes de les activitats presencials a les aules. Disposem de mòduls expositius (pàgines, arxius, paquets IMS o SCORM, etc.) que ens permeten explicar continguts. Si volem que els alumnes realitzin una tasca i qualificar-la després, podem crear una tasca. Fins i tot disposem de qüestionaris amb possibilitats d'autocorreció per posar exàmens. I aquests són precisament els mòduls que més ens trobem en la majoria de cursos de Moodle.
Però a les aules físiques també trobem aprenentatge cooperatiu, aprenentatge basat en projectes, gamificació, coavaluació (avaluació entre parells), i moltes altres metodologies didàctiques considerades com a innovadores. I com no, Moodle permet implementar-les a les aules virtuals. De fet, va ser concebut originalment seguint el corrent pedagògic constructivista i per facilitar l'aprenentatge cooperatiu. Així és que un bon exercici abans de començar a dissenyar qualsevol activitat per als alumnes seria saber si és susceptible de ser implementada de forma cooperativa, i del benefici que aquest canvi ens podria aportar.
Podem prendre com a exemple una qüestió plantejada als alumnes: “En què consisteix i com es va descobrir la deriva continental?”. Una activitat com aquesta es podria traslladar a una aula virtual de moltes maneres: