Hola Xavier. No sé exactament a què et refereixes amb "la configuació del l'escriptori", però pot fer una ullada a aquest artícle:
http://www.genbeta.com/linux/7-trucos-para-mejorar-la-configuracion-de-gnome-con-gconf
Pots provar, per altra banda de copiar el directori .gnome2 que roman a cada home d'usuari.
No estic segur de que siga el que busques, però pots crear un usuari fictici i provar.
El directori està ocult a cada home d'usuari i porta la configuració d'alguns paràmetres de l'escriptori.
Salut